Misiunea Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” Iaşi este promovarea excelenţei în educaţie, exprimată în termeni de valoare adăugată şi valoare creată, prin  dezvoltarea fiecărui elev la potenţialul său maxim .

Misiunea Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” poate fi esenţializată în cuvintele „Mereu mai buni, cel puţin egali cu noi înşine”

Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” Iaşi are rol de avangardă în modernizarea şi reformarea învățământului românesc preuniversitar. Este componentă activa în integrarea europeană a şcolii româneşti.

Educaţia este înţeleasă ca valoare pentru cel ce învaţă. Demersurile educaţionale sunt centrate pe :

• a învăţa să ştii;
• a învăţa să faci;
• a învăţa regulile convieţuirii;
• a învăţa să fii.

Eforturile şcolii se vor concentra pe căutarea oportunităţilor de îmbunătăţire a fiecărui produs sau serviciu, pentru furnizarea unor experienţe de învăţare de înaltă calitate.

Preocuparea centrală, în intervalul 2009-2013, va consta în implementarea în cadrul Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” a unui un sistem de dezvoltare a calităţii în educaţie bazat pe respectarea principiilor ISO 9001:2000 ( care formulează cerinţele sistemului de mangement al calităţii)